때는 1950년대의 일본, 병원에 입원한 엄마를 대신하여 집안의 궂은 일을 도맡아 하는
의젓한 소학교 6학년 소녀 쿠사가베 사츠키는 호기심 많은 동생 메이와 고고학자인 아버지와 함께
곧 퇴원할 엄마를 위해 물 맑고 공기 좋은 시골로 이사를 오게 된다.
이사짐과 함께 털털 거리며 굴러가는 작은 고물 삼륜차에 몸을 싣고 꼬불꼬불한 논길을 거쳐 다다른 시골.
나무들이 우거진 터널 같은 계단을 지나 넓은 언덕 위에 새로운 집이 사츠키들을 기다리고 있었다.
새로운 곳에서의 생활에 들떠하는 사츠키와 메이.
근처의 거대한 녹나무가 보이는 뜰과 동화속 존재인 마쿠로쿠로스케가 존재하는 듯한 시골집은
전원적이면서도 신비로운 정취를 풍기고 있어 사츠키와 메이에게는 따사로우면서도
왠지 모를 위화감이 으스스함이 느껴지기까지 했다.
사츠키가 학교에 가고, 아빠가 일을 하고 있는 어느 화창한 오후,
혼자서 집주변을 살펴보며 자연과 벗삼아 흥미로운 시간을 보내던 메이는 생전 처음보는 희한한 모양의 동물(?)을
발견하고 뒤를 쫓던 도중 녹나무 밑의 깊은 구덩이 속으로 떨어지고 마는데…